In den Jahren 1844-1862 war Leopold Stein Rabbiner in Frankfurt. Bereits sein Amtsantritt stand unter einem schlechten Zeichen, da er gegen den Willen des damals noch amtierenden greisen Oberrabbiners Salomon Abraham Trier berufen worden war. Stein galt als äußerst gemäßigter Vertreter der jüdischen Reformbewegung und war vom Vorstand berufen worden, um die religiösen Spannungen innerhalb der Gemeinde auszugleichen. Es gelang ihm jedoch nicht, die Unterstützung der Gemeinde zu gewinnen. Seine Tätigkeit war von Anfang an bis zuletzt durch den scharfen Konflikt mit dem Gemeindevorstand gekennzeichnet. Dieser beschränkte Steins Wirken auf den religiösen Bereich der Synagoge und räumte ihm kein Mitspracherecht in der religiösen Erziehung, insbesondere an der im Jahr 1804 gegründeten Philantropin ein. Vergeblich versuchte Stein, vom Vorstand zum Oberrabbiner ernannt zu werden; er behielt zeitlebens den Titel des Zweiten Rabbiner. In seine Amtszeit fiel die Spaltung der Jüdischen Gemeinde und die Gründung einer eigenen Austrittsgemeinde, die Israelitische Religionsgesellschaft. Stein war maßgeblicher Initiator des Neubaus der Hauptsynagoge (an Stelle der beiden alten Synagogen) in der ehemaligen Judengasse. Bei deren Einweihung im März 1860 hielt Stein eine Festrede, die zum Eklat mit dem Gemeindevorstand und zum endgültigen Bruch mit der Gemeinde führte. Enttäuscht trat Stein zwei Jahre später von seinem Amt zurück.