Im 19. Jahrhundert spaltete sich die Jüdische Gemeinde in zwei getrennt organisierte Institutionen. Die jüdische Reformbewegung lehnte die Überzeugung der Orthodoxie ab, dass der Talmud göttliches Gebot sei und die in ihm enthaltenen Vorschriften deshalb für alle Juden auf immer verbindlich. Rabbiner Abraham Geiger, geistiger Vater der Reformbewegung, stellte stattdessen die ethischen Grundsätze von Gerechtigkeit und Gleichheit in den Mittelpunkt der jüdischen Religion. Die religiösen Gebote verstand er lediglich als menschliche, d.h. veränderbare Bestimmungen. Damit die Jüdinnen und Juden ihre Eingliederung in die Gesellschaft und damit ihre Emanzipation, ihre Gleichstellung, verwirklichen könnten, müssten auch ihre religiösen Gebote der modernen Gegenwart angepasst werden. Zu den ersten und einschneidendsten Änderungen der Reformbewegung gehörten die Einführung neuer Gebetsordnungen, die Übersetzung der Gebete ins Deutsche und die Errichtung einer Orgel in der Synagoge. Auch das traditionelle jüdische Bildungswesen wurde dem der deutschen Umgebung angepasst. Ebenso fielen auch die Einhaltung des Schabbats, der Feiertage sowie der rituellen Speisegesetze weg. Schon als mit Leopold Stein 1844 ein gemäßigter Anhänger der Reformbewegung berufen worden war, hatte der Widerstand der orthodoxen Juden gegen die Neuerungen der Reformbewegung zugenommen. Im Jahre 1851 beriefen sie Samson Raphael Hirsch zu ihrem Rabbiner. Sie gründeten eine eigene Synagoge und eine eigene Volksschule in der Schützenstraße. Nach langen Kämpfen erhielt die orthodoxe Vereinigung im Jahre 1876 die staatliche Anerkennung als getrennte Jüdische Gemeinde. Die Mehrzahl der orthodoxen Juden verblieb jedoch aus traditionellen Gründen innerhalb der Muttergemeinde, nachdem ihnen die Einstellung eines orthodoxen Rabbiners, Markus Horovitz, und die Errichtung einer orthodoxen Synagoge, am Börneplatz, zugesagt worden war. So existierten in Frankfurt Ende des 19. Jahrhunderts zwei getrennte jüdische Gemeinden, die große Hauptgemeinde, genannt Israelitische Gemeinde, und die kleine Austrittsgemeinde, genannt Israelitische Religionsgesellschaft. Während die Austrittsgemeinde streng orthodox war und ihre Synagoge seit 1907 in der Friedberger Anlage hatte, vereinte die Israelitische Gemeinde in sich sowohl die religiös liberale (Hauptsynagoge, Westendsynagoge) als auch die orthodoxe Strömung (Börneplatzsynagoge) und sorgte für deren religiöse Belange. Am 1. April 1939 wurden auf Anordnung der Gestapo die beiden Gemeinden unter dem Namen "Jüdische Gemeinde" zwangsvereinigt. Damit hörten sie auf als eigenständige Institutionen zu bestehen.
